En el convento de la Vera Cruz existía desde los años sesenta del siglo XX un Museo dedicado a Margarita María. Era un Museo centrado en la biografía de la fundadora y en las actividades desarrolladas por el Instituto Misionero durante su vida. Estaba integrado fundamentalmente por objetos y documentos vinculados a ella y su trabajo.

Pero en aquel Museo faltaba algo fundamental: la evolución posterior de las Mercedarias Misioneras de Berriz y, sobre todo, la actualidad del legado de Margarita María, hoy más que nunca universal e interreligioso. Y cada vez más necesario en un mundo en tantas ocasiones opresor y degradante para las personas y alejado del mensaje del Evangelio.

Con esta nueva perspectiva se planteó la renovación integral del Museo.

Por supuesto, se trata ampliamente de Margarita María: sus principios, su espiritualidad, sus objetivos, sus realizaciones, lo vanguardista de su proyecto.

Pero también se muestra la actuación de las Mercedarias Misioneras de Berriz a lo largo de los años. Desde sus inicios, centradas en la educación femenina –aunque con múltiples ramificaciones–, hasta la actualidad, promoviendo iniciativas en defensa del ser humano y el medio ambiente.
Y además el Museo pretende mostrar la actual realidad económico-social del Mundo. No del mundo macroeconómico, de las grandes empresas y estados, sino el Mundo de la gente que necesita ayuda. En este sentido el Museo se propone actuar como un revulsivo, especialmente para el público más joven, que ayude a crear una conciencia social más participativa y solidaria.