El nuevo Museo consta de siete salas.

Las tres primeras cuentan la historia del propio monasterio, desde su creación hasta los principios del siglo XX.

Las tres siguientes se dedican a la vida y obra de la Madre Margarita María.

La última se refiere a la actividad misional de la congregación de las Mercedarias Misioneras de Berriz, especialmente durante los últimos cincuenta años.

Todo ello se ilustra con fotografías, películas, revistas, libros, documentos, obras de arte y otros objetos diversos vinculados a la vida y la actividad en el convento.