En 1903 Margarita María tomaba el hábito. Asumió la vida contemplativa, de la que nació su deseo de difundir el evangelio hasta los confines de la tierra.

El instrumento para conseguirlo fueron las misiones. La orden de La Merced nació para redimir prisioneros cristianos; ella quiso extender esta redención a todos los seres humanos.

Primero, en 1926, se obtuvo permiso para algunas misiones puntuales. Más tarde, en 1930, se conseguiría la total transformación del convento en un Instituto Misionero.